El MIAAO está ubicado en los antiguos claustros del monumental complejo juvariano de San Filippo Neri, en el que trabajaron, además de Filippo Juvarra, ilustres arquitectos como Guarino Guarini y Giuseppe Maria Talucchi.
El Museo conserva muchas obras maestras de arte decorativo, como un celebérrimo antipendio de Pietro Piffetti y algunas obras maestras contemporáneas de arte aplicado, situadas también en espacios sagrados como la Iglesia Mayor, el baptisterio y el cementerio.