Das MIAAO befindet sich in den ehemaligen Kreuzgängen des monumentalen von Juvarra entworfenen Komplexes San Filippo Neri, an dem neben Filippo Juvarra so illustre Architekten wie Guarino Guarini und Giuseppe Maria Talucchi mitgearbeitet haben.
Das Museum birgt viele Meisterwerke der dekorativen Kunst wie einen berühmten Paliotto von Pietro Piffetti und einige zeitgenössische Meisterwerke, die auch in heiligen Räumen wie Hauptkirche, Baptisterium und Gruft zu finden sind.