La Chiesa di Santa Marta venne costruita tra il 1726 e il 1732 per volontà congiunta di due Confraternite, quella del “Corpus Domini“ e quella dei "Disciplinanti di Santa Marta".
La Confraternita del “Corpus Domini” o del Santissimo Corpo del Signore, detta anche degli Artigiani, fu canonicamente eretta nel 1586. La Confraternita officiava all’altare maggiore della Parrocchiale, per cui spesso interferiva con le funzioni della domenica. Per rendersi indipendente, decise, di costruire una sua chiesa vicino alla Parrocchiale stessa.
La Confraternita dei Disciplinanti di Santa Marta, detta anche “dei Contadini”, nata nel 1456, aveva per istituto l’insegnamento della dottrina ai giovani e possedeva un’antica cappella proprio ai piedi del colle di San Calocero, dietro la Parrocchiale. Anch’essa nutriva l’intento di costruirsi una cappella nuova.
Su consiglio del vescovo di Ivrea, mons. Silvio De Nicola, le due Confraternite si fusero in un’unica associazione, il che avvenne ufficialmente nel 1731, sotto il nome di Confraternita del Santissimo Corpo del Signore e del Santo Gonfalone di Santa Marta o, più semplicemente, di Santa Marta. Redditi, prerogative, privilegi ed altri beni vennero messi in comune.
La nuova chiesa prese il nome di Santa Marta, mentre i Disciplinanti vestirono i camici bianchi del “Corpus Domini”.
Finita la chiesa (di cui non si conosce l’architetto), nel 1770 venne arricchito l’altare maggiore con belle statue dello scultore Rampone da Feletto; nel 1821 vi venne installato, debitamente restaurato, il vecchio organo della parrocchiale del 1681, poi rimosso e spostato a Vallo quando la chiesa venne chiusa al culto alcuni decenni fa.
Nel 1827 venne costruito il coro e nel 1839 la sacrestia, utilizzando i materiali ottenuti dalla demolizione della vecchia cappella dei Disciplinanti.
I membri delle due Confraternite avrebbero voluto erigere un campanile per la loro chiesa, ma la vicinanza della grande torre campanaria della Parrocchia li dissuase. Venne allora riservata per loro una delle cinque campane della torre principale, perciò detta “campana di Santa Marta”.